Tilførsel af næringsstoffer
Kvælstof og fosfor er næringsstoffer, som alle planter skal have for at kunne vokse dog behøver planterne mere kvælstof end fosfor.
Der strømmer kun lidt ferskvand til Stavns Fjord, da det meste vand fra det omgivende land pumpes via Sørenden ud i Samsø Bælt. I 1964 gjorde Videnskabernes Selskab opmærksom på, at fjorden var truet af bl.a. forurening fra Sørenden, der udledte såvel dræn som overflade- og spildevand. Det førte til, at afløbet fra Sørenden blev lukket i 1976, og vandet pumpes nu ud i Samsø Bælt.
Nu er det derfor alene afstrømningen fra et areal på ca. 9 km 2 , som ender i Stavns Fjord. Med det afstrømmende vand tilføres fjorden næringsstofferne kvælstof og fosfor fra især dyrkede jorde og naturarealer. Derudover tilføres fjorden kvælstof og fosfor fra atmosfæren og fra skarvkolonien på Kolderne.
Tilførslen fra skarvkolonien på Kolderne er beregnet til ca. 1,1 ton kvælstof i 1996. Denne tilførsel er også forholdsvis lille sammenlignet med den samlede tilførsel. Fosfortilførslen til Stavns Fjord udgjorde i 1996 0,4 ton. Det er en meget lille tilførsel pr. vandareal sammenlignet med andre fjorde i Danmark. Det skyldes, at spildevands-tilførslen er meget lille. Fosfortilførslen stammer hovedsagelig fra skarvkolonien og atmosfæren.
Den samlede kvælstoftilførsel til Stavns Fjord fra land og atmosfære var i 1996 ca. 25 tons. Heraf udgør tilførslen fra atmosfæren ca. 60 %. 1996 var dog et meget tørt år. Tilførslen af kvælstof fra det åbne land kan være 4-5 gange større i år, hvor det regner mere. Tilførslen fra spildevand er lille og udgjorde ca. 1 % af den samlede tilførsel i 1996.
