Stavns Fjord er fredet
For at beskytte og bevare områdets specielle natur og kulturspor er Stavns Fjord fredet og udpeget som Natura 2000 område.
Fredningen omfatter også de landområder, der grænser ned mod fjorden og et større havområde nord og øst for fjorden. For at undgå forstyrrelse af dyrelivet gælder der en række særlige regler for færdsel i området.
Det er ikke tilladt at gå i land på øer og holme i fjorden - dog undtaget øen Sværm. Sværm er kun lukket for offentlig adgang i fuglenes yngleperiode fra 1. april-15. juli. Resten af året kan man ved lavvande vade over til Sværm.
Rugende strandskadePå Besser Rev nord for Draget, Sværm og nogle strandenge er der adgangsforbud i 5 perioden 1. april-15. juli.
Der er forbud mod dykning og brædtsejlads i hele fjorden, og forbud mod sejlads med højere hastighed end 5 knob.
Unger og æg af sølvmåge
Stavns Fjord er også vildtreservat.
I to områder i fjorden er der forbud mod jagt. Det gælder for et område syd for Hjortholm samt i vigene omkring Langør. I resten af fjorden er jagt tilladt i perioden 1. september-31. december. Der er dog endnu et par særlige regler for jagt i Stavns Fjord: Jagt på ederfugle, samt jagt fra motordrevet fartøj, er forbudt hele året i hele fjorden.
Både Stavns Fjord med holme og et større havområde nord og øst for fjorden er beskyttet. Beskyttelsesområdet omfatter også øerne Kyholm, Lindholm, Vejrø og Bosserne.
Området er af stor betydning for mange ynglende og rastende fuglearter. I Stavns Fjord findes bl.a. en af Danmarks vigtigste ynglepladser for ederfugl med ca. 1.000 rugende par. Desuden yngler grågås, gråand, gravand, toppet skallesluger, knopsvane, vadefuglene strandskade, rødben og klyde samt flere mågearter bl.a. svartbag.
Som rasteplads er Stavns Fjord vigtig først og fremmest for svømmeænder især gråand, krikand, pibeand og gravand. I fjorden findes også 2 skarvkolonier på henholdsvis Yderste Holm og Kolderne. Området lige uden for fjorden er meget vigtigt som fældnings- og overvintringsområde for ederfugl og sortand.
Den spættede sæl har fast tilholdssted ved Bosserne øst for Stavns Fjord, men ses ofte ved lavvande på stenrevet Morten Henriks Bo nær Lilleøre.
